1)两者的认定机构不一样。

中国驰名商标的行政认定统一由国家工商总局商标局或商标评审委员会来认定。而中国驰名商标的司法认定是由审理案件的法院来认定，也就是说，商标民事纠纷的第一审案件，由中级以上人民法院管辖，对争议商标案件有管辖权的法院都可以认定。

2)两者认定后的救济途径不一样。

对于只是针对驰名商标的行政认定结果是否可以请求复审或提起行政诉讼，目前没有明确法规规定。

如果对工商部门作出的有关商标的具体行政行为(如行政处罚决定等)或商标评审委员会的决定或裁定不服的话，则可以提行政诉讼。

对驰名商标的司法认定来说，如果不服一审法院就驰名商标认定的结果，当事人可以向上一级法院提出上诉而在二审中对争议商标是否驰名的这一事实进行重新认定。若对二审的认定结果还不服，理论上还可以通过审判监督程序要求重新认定。

3)两者认定后的影响力差别巨大。

通过行政途径认定的中国驰名商标，是经过国家工商总局商标局或商标评审委员会认定的，将以国家工商总局的名义统一进行公告，并且将进入全国工商网络系统，因而在全国工商行政系统都具有很强的权威性，全国各级工商行政部门都会按有关驰名商标的特殊保护要求来加强保护，并且不会允许其他公司和个人用驰名商标作为公司名称进行登记。

通过法院个案而认定的驰名商标，由于只是由审理该案的某个具体法院(中级或高级法院)进行认定的，不会全国公告，相比之下，该认定在法院系统或认定法院当地的工商部门会具有较高的权威性，但在全国各地其他工商行政部门的实际效力目前还不太确定。由于没有全国公告，外地工商部门可能并不知道该商标已被法院认定为驰名商标，因此当商标持有公司在产品上标注为驰名商标时，外地工商局很有可能当成假冒进行查处。当然，查处以后，相关公司可以拿法院判决书去申诉。

4)两者对曾被认定为驰名商标的再审查或认定问题的规定不太一样。

就法院来说，当事人对曾经被行政主管机关或者人民法院认定的驰名商标请求保护的，对方当事人对涉及的商标驰名不持异议，人民法院不再审查。提出异议的，人民法院将依照商标法第十四条的规定重新进行审查。

对于工商部门来说，对于曾被认定为驰名商标的，如果所受理的案件与已被作为驰名商标予以保护的案件的保护范围基本相同，且对方当事人对该商标驰名无异议，或者虽有异议，但不能提供该商标不驰名的证据材料的，受理案件的工商行政管理部门可以依据该保护记录的结论，对案件作出裁定或者处理。

如果所受理的案件与已被作为驰名商标予以保护的案件的保护范围不同，或者对方当事人对该商标驰名有异议，且提供该商标不驰名的证据材料的，应当由商标局或者商标评审委员会对该驰名商标材料重新进行审查并作出认定。

5)部分地方政府的奖励标准有所不同。
有的省市政府对司法认定的驰名商标没有奖励，或者奖励金额只有行政认定的中国驰名商标的一半。

另外，司法认定的一般在判决书中表述为“某某注册号某某商标具备驰名商标的事实”，但行政认定的在公告时一般表述为“认定某某注册号某某商标为中国驰名商标”。